خداوند در آیات قرآنی از جمله آیه 7 سوره آل عمران می فرماید: هُوَ الَّذِیَ أَنزَلَ عَلَیْکَ الْکِتَابَ مِنْهُ آیَاتٌ مُّحْکَمَاتٌ هُنَّ أُمُّ الْکِتَابِ وَأُخَرُ مُتَشَابِهَاتٌ فَأَمَّا الَّذِینَ فی قُلُوبِهِمْ زَیْغٌ فَیَتَّبِعُونَ مَا تَشَابَهَ مِنْهُ ابْتِغَاء الْفِتْنَةِ وَابْتِغَاء تَأْوِیلِهِ وَمَا یَعْلَمُ تَأْوِیلَهُ إِلاَّ اللّهُ وَالرَّاسِخُونَ فِی الْعِلْمِ یَقُولُونَ آمَنَّا بِهِ کُلٌّ مِّنْ عِندِ رَبِّنَا وَمَا یَذَّکَّرُ إِلاَّ أُوْلُواْ الألْبَابِ؛ اوست کسى که این کتاب [قرآن‏] را بر تو فرو فرستاد. پاره‏اى از آن، آیات محکم [صریح و روشن‏] است. آنها اساس کتابند و [پاره‏اى‏] دیگر متشابهاتند [که تأویل‏پذیرند]. اما کسانى که در دلهایشان انحراف است براى فتنه‏جویى و طلب تأویل آن [به دلخواه خود،] از متشابه آن پیروى مى‏کنند، با آنکه تأویلش را جز خدا و ریشه‏داران در دانش کسى نمى‏داند. [آنان که‏] مى‏گویند: «ما بدان ایمان آوردیم، همه [چه محکم و چه متشابه‏] از جانب پروردگار ماست»، و جز خردمندان کسى متذکر نمى‏شود.

از این آیه به دست می آید قرآن دارای دو دسته از آیات است: 1. محکم؛ 2. متشابه؛ دیگر این که این متشابه را باید به محکم برگرداند که ام الکتاب و مرجع تاویلی آن آیات متشابه است.

از سوی دیگر خداوند می فرماید: اللَّهُ نَزَّلَ أَحْسَنَ الْحَدِیثِ کِتَابًا مُّتَشَابِهًا مَّثَانِیَ تَقْشَعِرُّ مِنْهُ جُلُودُ الَّذِینَ یَخْشَوْنَ رَبَّهُمْ ثُمَّ تَلِینُ جُلُودُهُمْ وَقُلُوبُهُمْ إِلَى ذِکْرِ اللَّهِ ذَلِکَ هُدَى اللَّهِ یَهْدِی بِهِ مَنْ یَشَاء وَمَن یُضْلِلْ اللَّهُ فَمَا لَهُ مِنْ هَادٍ؛ خداوند بهترین گفتار را فرو فرستاده (به صورت) کتابى (که تمام آیات آن در فصاحت لفظ و متانت بیان و عمق محتوى) شبیه یکدیگر که هر یک از آیاتش معطوف به دیگرى و روشنگر و مفسّر دیگرى است از (شنیدن) آن پوست‏هاى (بدن) کسانى که از پروردگارشان مى‏ترسند به لرزه مى‏افتد، سپس پوست‏ها و دل‏هایشان نرم شده و آرامش و اطمینان به خدا پیدا مى‏کنند. این (حالت) هدایت خداوند است که هر که را بخواهد بدان راهنمایى مى‏ کند، و هر که را خدا در گمراهى واگذارد (توفیقاتش را از او سلب کند) هرگز او را راهنمایى نخواهد بود.(زمر، آیه 23)

پس آیات قرآن نگاه متناظر و معطوف به هم دارند و گویی یک دیگر را تفسیر می کنند: «القُرآن یُفَسِّرُ بَعضُهُ بَعضاً»؛ همان طوری که روایات معصومان(ع) نسبت به یک دیگر چنین نسبتی دارند.

اما آن چه مراد از تفسیر قرآن به قرآن است، ناظر به تفسیر لفظی نیست، هر چند که آن بخشی از ابزارهای تفسیر قرآن به قرآن است، بلکه مراد همان تفسیر مفهومی است؛ از همین روست که در تفسیر این که قرآن دارای مراتب است و تنزیل و انزال قرآن یک تنزیل و انزال انداختنی نیست بلکه آویختنی است، تنها به همین واژگان انزال و نزول و تنزیل بسنده نمی شود، بلکه با مراجعه به آیات قرآنی دیگر این مفهوم به دست می آید و ثابت می شود که نزول قرآن همانند نزول تجافی باران نیست که وقتی بالا است پایین نیست و یا وقتی پایین در زمین است در آسمان نیست، بلکه از باب تجلیات است. از این روست که خداوند از آن به حبل الله آویخته تعبیر می کند که بر اساس حدیث غدیر از پیامبر(ص) یک طرف آن حبل الله در دست خدا و طرف دیگرش دست بشر است:«أَحَدُ طَرَفَیهِ بِیَدِ اللهِ سُبحَانَهُ وَ تَعَالی وَ الطَرَفُ الآخَرُ بَأَیدِیکُم»(نفحات القرآن، الشیخ ناصرمکارم الشیرازی، ج9، ص141)

بر همین اساس برای تفسیر قرآن به قرآن و فهم این مفهوم آویختگی قرآن به آیاتی چون : لَدَیْنَا لَعَلِیٌّ حَکِیمٌ(زخرف، آیه 4)،فی لَوْحٍ مَحْفُوظٍ(بروج، آیه 22?،لَقُرْآنٌ کَرِیمٌ  فِی کِتَابٍ مَکْنُونٍ(واقعه، آیات 77 و 78? ،  وَ اعْتَصِمُوا بِحَبْلِ اللَّهِ(آل عمران، آیه 103? و مانند آن ها استدلال می شود؛ چون از مجموعه این آیات می‌فهمیم که این «حَبل» ریسمان الهی «حَبل» خداوند نیانداخته، بلکه آن را آویزان کرده تا ما به کمک آن بالا برویم؛ از همین رو، تعبیر «لدی الله» و لوح محفوظ  و مانند آن می کند تا بیان کند قرآن در مقام «لدی الله» و «عَلیّ حَکِیم» است و این نزول همانند نزول قطرات باران نیست که از آسمان به پایین می افتد؛ بلکه این قرآن در کتاب مَکنون و  لدی «عَلیّ حَکِیم»  است و هم چنان آویخته است. چنین تفسیر مفهومی را تفسیر قرآن به قرآن می گویند.