خداوند در آیه 29 سوره جاثیه می فرماید: هَذَا کِتَابُنَا یَنطِقُ عَلَیْکُم بِالْحَقِّ إِنَّا کُنَّا نَسْتَنسِخُ مَا کُنتُمْ تَعْمَلُونَ؛ این است کتابِ ما که علیه شما به حق سخن مى‏گوید. ما از آنچه مى‏کردید، نسخه برمى‏داشتیم.
در صحاح در معنای استنساخ آمده است: نسخ کتاب و انتساخ و استنساخ آن به یک معنا است. و کلمه" نسخه" اسمى براى استنساخ شده از کتاب است.(صحاح اللغه، ماده" نسخ") و راغب نیز مى‏نویسد: کلمه" نسخ" به معناى از بین بردن چیزى است به وسیله چیزى که دنبال آن قرار دارد، مانند از بین رفتن سایه به وسیله آفتاب، و از بین رفتن آفتاب به وسیله سایه‏اى که دنبالش مى‏آید، و از بین رفتن جوانى به وسیله پیرى، که به دنبالش مى‏آید... و نسخ کتاب عبارت از آن است که صورت آن کتاب را به کتابى دیگر منتقل سازى به طورى که مستلزم از بین رفتن صورت اول نباشد، بلکه صورتى مثل آن در ماده‏اى دیگر پدید آرى، مانند نقش کردن خطوط یک مهر در موم‏هاى متعدد. و استنساخ به معناى پیشى گرفتن در نسخ چیزى است.(مفردات الفاظ قرآن کریم ، راغب اصفهانی، ذیل ماده" نسخ")
و مقتضاى آنچه وى نقل کرده این است که مفعول فعل استنساخ در عبارت:" من کتاب را استنساخ کردم" کتاب اصلى باشد، که از آن نسخه‏بردارى کرده‏ایم، و لازمه این‏ معنا در آیه مورد بحث که مى‏فرماید:" إِنَّا کُنَّا نَسْتَنْسِخُ ما کُنْتُمْ تَعْمَلُونَ" این است که اعمال ما نسخه اصلى باشد، و از آنها نسخه بردارند. و یا به عبارتى دیگر: اعمال در اصل، کتابى باشد و از آن کتاب نقل شود.
و اگر مراد از این عبارت این بوده باشد که بخواهد بفرماید: اعمال خارجى که قائم به انسان است، و از راه کتابت ضبط مى‏شود، باید مى‏فرمود:" انا کنا نکتب ما کنتم تعملون" یعنى ما همواره آنچه مى‏کنید مى‏نویسیم، چون در این صورت هیچ نکته‏اى ایجاب نمى‏کند که اعمال را کتاب و نسخه اصلى فرض کنیم، تا نامه اعمال از آن کتاب استنساخ شود. و اگر کسى بگوید کلمه" یستنسخ" به معناى" یستکتب" است، هم چنان که بعضى گفته‏اند(مجمع البیان، ج 9، ص 80)،  جوابش این است که هیچ دلیلى بر این معنا نداریم.
و لازمه این که گفتیم- بنا بر نقل راغب- باید اعمال، خود کتابى باشد تا از آن استنساخ کنند، این است که مراد از جمله" ما کُنْتُمْ تَعْمَلُونَ" اعمال خارجى انسانها باشد، بدین جهت که در لوح محفوظ است؛چون هر حادثه‏اى، و از آن جمله اعمال انسانها هم یکى از آن حوادث است، قبل از حدوثش در لوح محفوظ نوشته شده است. پس در نتیجه استنساخ اعمال عبارت از است نسخه بردارى عمل و مقدمات و حوادث و عوامل دخیل در آن از کتاب لوح محفوظ. بنابر این، نامه اعمال در عین اینکه نامه اعمال است، جزئى از لوح محفوظ نیز هست، چون از آنجا نسخه بردارى شده، آن وقت معناى اینکه مى‏گوییم" ملائکه اعمال را مى‏نویسند" این مى‏شود که ملائکه آنچه را که از لوح محفوظ نزد خود دارند، با اعمال بندگان مقابله و تطبیق مى‏کنند.
و این همان معنایى است که در روایات از طرق شیعه از امام صادق (ع) و از طرق اهل سنت از ابن عباس نیز نقل شده است. این روایات در ادامه بحث می آید.
و بنا بر این توجیه، جمله" هذا کِتابُنا یَنْطِقُ عَلَیْکُمْ بِالْحَقِّ" جزو کلام خداى تعالى است، نه کلام ملائکه، و خطابى است که خداى تعالى در روز جمع، یعنى روز قیامت، به اهل جمع مى‏کند، و خداوند امروز آن را در قرآن براى ما حکایت کرده است. در نتیجه معنایش این مى‏شود:" یقال لهم هذا کتابنا ..."، یعنى آن روز به ایشان گفته مى‏شود این کتاب ما است که علیه شما چنین و چنان مى‏گوید.
کلمه" هذا"- به طورى که از سیاق برمى‏آید- اشاره به نامه اعمال است، که بنا بر توجیه ما در عین حال اشاره به لوح محفوظ نیز هست، و اگر کتاب را بر ضمیر خداى تعالى اضافه کرد، و فرمود" این کتاب ما است" از این نظر بوده که نامه اعمال به امر خداى تعالى نوشته مى‏شود، و چون گفتیم نامه اعمال لوح محفوظ نیز هست، به عنوان احترام آن را" کتاب ما" خوانده است. پس معناى جمله" یَنْطِقُ عَلَیْکُمْ بِالْحَقِّ" این است که «کتاب ما شهادت مى‏دهد بر آنچه که کرده‏اید، و بر آن با دلالتى روشن و توأم با حق دلالت مى‏کند. پس جمله" إِنَّا کُنَّا نَسْتَنْسِخُ ما کُنْتُمْ تَعْمَلُونَ" تعلیل مى‏کند که چگونه کتاب علیه ایشان به حق نطق مى‏کند، و معنایش این است که: چون کتاب ما بر عمل شما با دلالتى بر حق دلالت کرده بدون اینکه از آن تخلف کند؛ زیرا کتاب ما لوح محفوظ است که بر تمامى جهات واقعى اعمال شما احاطه دارد.
و اگر نامه اعمال خلائق را طورى به ایشان نشان ندهد که دیگر جاى شکى و راه تکذیبى باقى نگذارد، ممکن است شهادت آن را تکذیب کنند، و بگویند کتاب شما غلط نوشته، ما چنین و چنان نکرده‏ایم، به همین جهت مى‏فرماید کتاب ما به حق گواهى مى‏دهد، هم چنان که در جاى دیگر فرموده:" یَوْمَ تَجِدُ کُلُّ نَفْسٍ ما عَمِلَتْ مِنْ خَیْرٍ مُحْضَراً وَ ما عَمِلَتْ مِنْ سُوءٍ تَوَدُّ لَوْ أَنَّ بَیْنَها وَ بَیْنَهُ أَمَداً بَعِیداً؛ روزى که هر فردى از افراد انسان آنچه را که از خیر و یا شر انجام داده، حاضر مى‏بیند، و آرزو مى‏کند اى کاش بین او و بدیهایش فاصله‏اى دور مى‏بود. (آل عمران، آیه 30)
مفسرین در تفسیر این آیه اقوال دیگرى دارند که به عنوان نمونه دو تا از آنها را در اینجا نقل مى‏کنیم:
بعضى  گفته‏اند: آیه شریفه کلام ملائکه است، نه کلام خداى تعالى، و معناى استنساخ همان کتابت است، و معناى آیه این است که ملائکه مى‏گویند: این- یعنى نامه اعمال- کتاب ما ملائکه است، که نویسنده اعمال شما بودیم، و این کتاب علیه شما به حق شهادت مى‏دهد، چون ما آنچه را که شما مى‏کردید مى‏نوشتیم.( روح المعانى، ج 25، ص 156)
و این تفسیر صحیح نیست، اولا چون این احتمال که این کلام، کلام ملائکه باشد از سیاق آیه بعید است؛ و ثانیا این که کلمه استنساخ به معناى مطلق نوشتن و کتابت استعمال شود، در لغت ثابت نشده است.
بعضى دیگر گفته‏اند: آیه شریفه کلام خداى تعالى است، و اشاره با" هذا" اشاره‏ به نامه اعمال است.(همان) و بعضى دیگر گفته‏اند اشاره به لوح محفوظ است، و معناى استنساخ همه جا همان" استکتاب" است.( روح المعانى، ج 25، ص 156)
و در تفسیر قمى در ذیل آیه" هذا کِتابُنا یَنْطِقُ عَلَیْکُمْ بِالْحَقِّ ..." مى‏گوید: پدرم از ابن ابى عمیر، از عبد الرحیم قصیر، از امام صادق (ع) برایم حدیث کرد که گفت: سألته عن ن والقلم، قال: إن الله خلق القلم من شجرة فی الجنة یقال لها الخلد ثم قال لنهر فی الجنة کن مدادا فجمد النهر وکان أشد بیاضا من الثلج وأحلى من الشهد ثم قال للقلم اکتب قال وما اکتب یا رب قال اکتب ما کان وما هو کأین إلى یوم القیامة، فکتب القلم فی رق أشد بیاضا من الفضة وأصفى من الیاقوت ثم طواه فجعله فی رکن العرش ثم ختم على فم القلم فلم ینطق بعد ولا ینطق ابدا، فهو الکتاب المکنون الذی منه النسخ کلها، أو لستم عربا فکیف لا تعرفون معنى الکلام، وأحدکم یقول لصاحبه انسخ ذلک الکتاب أولیس إنما ینسخ من کتاب اخذ من الأصل وهو قوله: إنا کنا نستنسخ ما کنتم تعملون ؛ من از آن جناب از معناى" ن وَ الْقَلَمِ" پرسیدم، فرمود: خداى تعالى قلم را از درختى که در بهشت است و نامش" خلد" است آفرید، و سپس به نهرى که در بهشت است دستور داد تا مداد شود، پس نهر منجمد و سفیدتر از برف و هم شیرین‏تر از شهد شد. آن گاه به قلم فرمود: بنویس. پرسید: پروردگارا چه بنویسم؟ فرمود: بنویس آنچه را که شده و آنچه را که تا قیامت خواهد شد. پس قلم، همه را در رقى سفیدتر از نقره، و صاف‏تر از یاقوت بنوشت. پس خداى تعالى آن را در هم پیچید، و در رکن عرش قرار داد، و سپس دهانه قلم را مهر و موم کرد، در نتیجه دیگر تا ابد گویا نخواهد شد.
پس کتاب مکنونى که نسخه‏ها همه‏اش از آنجاست همین کتاب است. مگر شما عرب نیستید؟ پس چرا معناى کلام را نمى‏فهمید؟ مگر شما به یکدیگر نمى‏گویید: این کتاب را استنساخ کن! مگر جز این است که کتاب از نسخه اصلیش استنساخ مى‏شود؟ این همان است که خداى تعالى مى‏فرماید" إِنَّا کُنَّا نَسْتَنْسِخُ ما کُنْتُمْ تَعْمَلُونَ".(تفسیر قمى، ج 2، ص 299)
و در الدر المنثور است که ابن جریر از ابن عباس روایت کرده که گفت: خداى تعالى" نون" را که عبارت بود از یک دوات بیافرید، و قلم را نیز خلق کرد، پس به قلم گفت بنویس. قلم پرسید: چه بنویسم؟ گفت: بنویس آنچه را که تا روز قیامت خواهد شد، چه اعمالى که به عنوان خیر و احسان صورت مى‏گیرد، و چه اعمالى که به منظور فجور انجام مى‏شود، چه رزقى که از حلال داده مى‏شود، و چه آنکه از حرام مصرف مى‏گردد، آن گاه حالت و شؤون هر یک از اینها را نیز ثبت کن که: چه وقت در دنیا خلق و ظاهر مى‏شود، و چقدر در دنیا مى‏ماند، و چه وقت و چه جور از دنیا بیرون مى‏شود.
آن گاه خداى تعالى بر هر یک از بندگانش حافظانى و بر کتابش خازنانى گماشت تا آن را حفظ کنند، و همه روزه عمل آن روز را از آن خازن گرفته استنساخ مى‏کنند، و چون آن رزق تمام شود آن دستور هم تمام مى‏شود، و اجل منقضى مى‏گردد آن وقت حافظان نزد خازنان آمده عمل آن روز کسانى را که اینان موکل بر آنند مطالبه مى‏کنند خازنان مى‏گویند:
ما براى رفقاى شما نزد خود عملى نمى‏یابیم، حافظان برمى‏گردند و متوجه مى‏شوند که رفقایشان مرده‏اند.
ابن عباس گفت: مگر شما عرب نیستید؟ مى‏شنوید که حافظان مى‏گویند" إِنَّا کُنَّا نَسْتَنْسِخُ ما کُنْتُمْ تَعْمَلُونَ". استنساخ وقتى صورت مى‏گیرد که کتابى باشد تا از آن نسخه بردارند.(الدر المنثور، ج 6، ص 37)
علامه طباطبایی می نویسد: این خبر به طورى که ملاحظه مى‏فرمایید آیه شریفه را جزء کلام ملائکه حفظه شمرده است. و نیز در همان کتاب است که ابن مردویه از ابن عباس روایت کرده که در ذیل این آیه گفته است: حفظه از ام الکتاب آنچه را که بنى نوع بشر عمل مى‏نمایند استنساخ مى‏کنند، چون هر انسانى همان را عمل مى‏کند که ملائکه از ام الکتاب استنساخ کرده‏اند (الدر المنثور، ج 6، ص 37؛ علامه طباطبایی ذیل آیه)
و از کتاب سعد السعود ابن طاووس نقل شده که بعد از آنکه مساله دو فرشته موکل بر هر بنده را ذکر کرده، گفته است: و در روایتى آمده که این دو ملک هر صبح و شام که مى‏خواهند نازل شوند، اسرافیل عمل آن بنده را از لوح محفوظ استنساخ نموده بدست آن دو مى‏دهد، و چون هر صبح و شام صعود مى‏کنند، و نامه عمل آن روز بنده را مى‏برند، به دست‏ اسرافیل مى‏دهند، و وى آن نامه را با نامه‏اى از لوح محفوظ استنساخ کرده بود مقابله مى‏کند، تا معلوم شود هر دو نسخه با هم برابرند و وى درست استنساخ کرده است.(سعد السعود، ص 226)
از این آیه و روایات به دست می آید که مراد از استنساخ توجه دادن به مساله قضا و قدر است که در جایی خودش باید از آن سخن گفت.(نگاه کنید: تفسیر المیزان، ذیل آیه)

آیت الله جوادی آملی می فرماید: کار شما را ما استنساخ می‌کنیم. پس یک نسخه اصلی لازم است که این کاری که شما انجام می‌دهید ما یکی پس از دیگری بیرون می‌کشیم و این مطابق با آن نسخه اصل است. این جریان قضا و قدر را ثابت می‌کند، جریان علم پیشین خدا را ثابت می‌کند. منتها با حفظ مبادی و اختیار که خدای سبحان می‌داند زید با مِیل و اراده و اختیار خود به طرف صلاح می‌رود با اینکه می‌تواند به طرف فساد برود هر چه هم او را به طرف فساد دعوت می‌کنند او با میل و اختیار خودش به طرف صلاح گرایش دارد. دیگری می‌تواند به طرف صلاح برود و هر چه او را دعوت می‌کنند به طرف صلاح ولی او به سوء اختیار خود به طرف فساد می‌رود. ما آنچه در نهان و درونِ اوست استنساخ می‌کنیم؛ یعنی یک نسخه اصلی داریم که نزد ماست. آنچه را که او انجام می‌دهد مطابق با آن نسخه اصلی انجام می‌گیرد.