واژه فطرت از ریشه «فطر» به معنای شکافتن و روییدن است. خدا به عنوان فاطر آسمان و زمین معرفی شده است.(یوسف، آیه 101؛ زمر، آیه 46؛ انبیاء، آیه 56) در حقیقت خلقت آسمان و زمین به «شکافتن» نوعی ایجاد و رویش برای آن است که خدا خود را به این صفات می ستاید. به نظر می رسد که با این نگره به آسمان و زمین می توان گفت که هسته ای اولیه آسمان و زمین، به حکم خدا شکافته شده و به این شکل آسمان و زمین گسترش یافته است. خدا در قرآن می فرماید:إِذَا السَّمَاءُ انْفَطَرَتْ وَإِذَا الْکَوَاکِبُ انْتَثَرَتْ؛ آنگاه که آسمان زهم بشکافد ، و آنگاه که اختران پراکنده شوند.(انفطار، آیات 1 و 2)

 البته از نظر قرآن این بسط و گسترش کنونی سرانجام به «قبض» می انجامد و دوباره آسمان «طی» و جمع می شود؛ چنان که خدا می فرماید: یَوْمَ نَطْوِی السَّمَاءَ کَطَیِّ السِّجِلِّ لِلْکُتُبِ کَمَا بَدَأْنَا أَوَّلَ خَلْقٍ نُعِیدُهُ وَعْدًا عَلَیْنَا إِنَّا کُنَّا فَاعِلِینَ ؛ روزى که آسمان را همچون در پیچیدن صفحه نامه ‏ها در مى ‏پیچیم همان گونه که بار نخست آفرینش را آغاز کردیم دوباره آن را بازمى‏ گردانیم وعده‏ اى است بر عهده ما که ما انجام‏دهنده آنیم. (انبیاء، آیه 104) پس از نظر قرآن، توسعه آسمان که در حال انجام است(ذاریات، آیات 47 و 48)؛ روزی پایان می یابد و به حالت اولیه خود باز می گردد که همه هسته نخستین و جمع شده است.

از نظر قرآن، هر آفریده ای یک حالت نخستین دارد که از آن به فطرت یاد می شود. خدا می فرماید: فَأَقِمْ وَجْهَکَ لِلدِّینِ حَنِیفًا فِطْرَتَ اللَّهِ الَّتِی فَطَرَ النَّاسَ عَلَیْهَا لَا تَبْدِیلَ لِخَلْقِ اللَّهِ ذَلِکَ الدِّینُ الْقَیِّمُ وَلَکِنَّ أَکْثَرَ النَّاسِ لَا یَعْلَمُونَ ؛ پس روى خود را با گرایش تمام به حق به سوى این دین کن با همان فطرت سرشتى که خدا مردم را بر آن سرشته است. آفرینش خداى جایگزین پذیر نیست این است همان دین پایدار و استوار، ولى بیشتر مردم نمى‏ دانند.(روم، آیه 30)

از نظر آموزه های وحیانی قرآن، دین فطری همان دینی است که انسان با آن سرشته شده و هسته اصلی و اولیه او را تشکیل می دهد.

از نظر قرآن، حالت نخستین و فطری بشر ، همان حالت اعتدال و استواء(شمس، آیه 7؛ سجده، آیه 9؛ انفطار، آیه 7)

اما واژه طبیعت از «طبع» به معنای زنگ زدگی، چرک گرفتگی، کثیف شدن ، ننگ و عار و مانند آنها در اصل از فرو رفتن آب و از دست رفتن آن است. از همین روست که خوی زشت را به «طبع» تعبیر می کنند.

براساس کاربردهای قرآنی، طبیعت، تغییر ناخوشایند در فطرت است. به این معنا که وقتی نفس انسانی از حالت اعتدال و استواء خارج و ناتوان از ادراک حق و باطل و خیر و شر شده باشد و از نظر انگیزشی نیز گرایش به خیر و حق به گرایش به شر و باطل تغییر یافته باشد. از همین روست که وقتی از طبیعت نفس سخن به میان می آید به معنای خروج از حالت فطری نفس است. خدا می فرماید: أُولَئِکَ الَّذِینَ طَبَعَ اللَّهُ عَلَى قُلُوبِهِمْ وَسَمْعِهِمْ وَأَبْصَارِهِمْ وَأُولَئِکَ هُمُ الْغَافِلُونَ ؛ آنان کسانى‏ اند که خدا بر دلها و گوش و دیدگانشان طبع گذاشته و آنان خود غافلان هستند.(نحل، آیه 108) هم چنین می فرماید: وَ طَبَعَ اللَّهُ عَلَى قُلُوبِهِمْ فَهُمْ لَا یَعْلَمُونَ؛ و خدا بر دلهایشان طبع نهاد، در نتیجه آنان نمى‏ فهمند.(توبه ، آیات 87 و  93؛ روم، آیه 59)

این که در طب سنتی از طبایع چهارگانه به میان آمده است، از باب غلبه است؛ به این معنا که حالت اعتدال که حالت فطری است به سبب غلبه سه حالت دیگر که حالات غیر فطری است، به عنوان طبایع چهارگانه مطرح شده است.

به سخن دیگر، حالات صفراوی، سوادی و بلغمی که تابستان، پاییز و زمستان یعنی حالت گرم و خشک، سرد و تر ، سرد و خشک است، حالات غیر فطری است؛ زیرا حالت فطری انسان، همان اعتدال و استوای بهاری است که حالت دموی (خون) و گرم و تر است.

به تعبیر دیگر، از چهارگانه باد(گرم و تر و دموی بهاری)، آتش(گرم و خشک، صفرای تابستانی)، آب(سرد و تر و بلغمی پاییزی) و خاک(سرد و خشک و سودایی زمستانی) همان حالت فطرت همان حالت اولی است؛ زیرا خدا نفس انسانی را از «روح» آفریده است(حجر، آیه 29؛ ص، آیه 72؛ سجده، آیه 9) که از مشتقات «هوا و باد» یا همان «ریح» است. انسان بهشتی کسی است که «ریح و ریحان» (واقعه، آیه 89) و در حالت فطری و اعتدال و استوای بهاری کامل است.

به هر حال، کاربرد طبیعت برای بیان حالت های نخستین و اولیه و فطری هر چیزی غلط است و گویا این کلمه در زبان فارسی به سبب کاربرد زیاد آن در طب سنتی به شکل امروزی مورد استفاده و استعمال قرار گرفته است. بنابراین، اگر بخواهیم حالت فطری چیزی را بیان کنیم، می بایست از کلمه فطرت به جای طبیعت استفاده کنیم؛ زیرا طبیعت چیز تغییر یافته به شکل نابهنجار و از دست رفتن خوی فطری و تغییر به خوی زشت است. پس وقتی می گوییم فلان چیزی طبیعت اوست، یعنی خوی زشت است. امیر المؤمنین على بن ابیطالب علیه السّلام می فرماید: اَلْعَادَةُ طَبْعٌ ثَان؛ عادت، طبیعت دوّم است.( غرر الحکم و درر الکلم، ج 1، ص 432 ) عادت نوعی تغییر فطرت است که از نظر آن حضرت(ع) تغییر ناخوشایند پایدار است. باید توجه داشت که مراد از دوم در این جا، دوم عددی نیست، بلکه مثل اصطلاح دست دوم، شامل دو به بعد را شامل می شود.