خزائن الهی متعدد و متنوع است. به نظر می رسد که خزائن الهی شامل دو دسته اصلی ، خزائن الهی در عالم امری و خزائن الهی در عالم خلقی از جمله مهم ترین خزائن الهی باشد؛ زیرا امر و خلق دو ساحت جدا هستند و دلیل بر جدایی نیز تفصیلی است که در آیه آمده است:أَلَا لَهُ الْخَلْقُ وَالْأَمْرُ؛ آگاه باشید! برای او خلق و امر.(اعراف، آیه 57)

از نظر قرآن، روح از عالم امری است ؛ چنان که نفس از عالم خلقی است(اسراء، آیه 85)؛ زیرا نفس همان روح دمیده در کالبد است که هماره نیازمند کالبدی است چه در دنیا، چه برزخ و چه آخرت.(ص، آیه 72؛ حجر، آیه 15)

از نظر قرآن، علم الهی به همه موجودات چه در خزائن امری و چه در خزائن خلقی، علم حضوری است؛ یعنی اعیان اشیاء در نزد خدا حاضر است، نه این که صورت ها یا مفاهیم آن در نزد خدا باشد، چنان که در علم حصولی این گونه است؛ زیرا در علم حصولی که در انسان ها تحقق می یابد، در امور جزیی و حسی، صورت های چیزها در ذهن انسان نقش می بندد و در امور کلی و عقلی، مفاهیم آنها.

علم حضوری خدا به چیزها در قبل از خلقت آنها، به این است که ذوات و حقائق نوری آنها ، حتی با خواص ، احکام، لوازم، ملازمات و اوصاف به صورتی که مناسب علم الله است، در نزد خدا حاضر هستند؛ و پس از خلقت نیز این گونه است؛ هر چند که این علم حضوری دوم با اول کمی فرق داشته باشد، ولی همه چیزها معلوم به علم حضوری است. از همین روست که همه چیز در علم الله حاضر است که همان خزائن آنها است: إِن مِّن شَیْ‌ءٍ إِلَّا عِنْدَنَا خَزَائِنُهُ وَمَا نُنَزِّلُهُ إِلَّا بِقَدَرٍ مَعْلُومٍ؛ هیچ چیزی نیست مگر آن که خزائن آن در نزد ما است و ما به میزان و مقدار معلوم آن را تنزل می دهیم.(حجر، آیه 21)

از آن جایی که قبل از خلقت، اشیاء به علم حضوری در نزد خدا حاضر است، قابلیت می یابد تا مخاطب به خطاب امر حاضر شود و خدا به آنها فرمان «کن» بدهد؛ زیرا اگر وجودی علمی نوری در خزائن علم الله نداشته باشد، نمی توان مخاطب به خطاب امر حاضر باشد؛ در حالی که بارها خدا در قرآن از این حقیقت پرده برداشته و گفته است: إِنَّمَا أَمْرُهُ إِذَا أَرَادَ شَیْئًا أَنْ یَقُولَ لَهُ کُنْ فَیَکُونُ؛ امر الهی جز این نیست که وقتی چیزی را اراده کند به آن چیز می گوید: باش! پس می شود.(یس، آیه 82؛ و نیز بقره، آیه 117؛ غافر، آیه 68؛ آل عمران، آیات 47 و 59؛ نحل، آیه 40؛ مریم، آیه 35)