یکی از مهم ترین و بزرگ ترین مشکل حوزه های علمیه امروز و بلکه دیروز، جدایی ادبیات و فرهنگ آموزشی و پرورشی آن از فرهنگ و ادبیات قرآنی است. نظام علمی حوزه های علمیه به گونه ای سامان یافته است که فرهنگ و نظام آموزشی غیر قرآنی در طول تاریخ سامان یافته است. به سخنی دیگر، نوعی نظام و فرهنگ سکولار بر فرهنگ آموزشی و پرورشی حوزه ها همانند دانشگاه ها حاکم است؛ از این روست که حوزه ها همانند دانشگاه و مدارس غیر قرآنی، خروجی جز دانشمند ندارد و فاقد افراد مومن عالم و مزکی و متقی است که علم ایشان بر خاسته و برگرفته از تقوای الهی باشد؛ یعنی روش و شیوه آموزشی حوزه های علمیه روشی است که در غیر حوزه ها نیز به کار می رود.

اگر باور داریم که ایمان به معنای رفتن در مامن امنیت الهی و دژ خداوندی با قول و اعتقاد قلبی «لااله الاالله» است و این که علم حقیقی به تعلیم الهی است که بستر آن را تقوایی عبادی شریعت محور سامان می دهد.(بقره، آیات 21 و 282؛ کهف، آیه 65؛ تکاثر، آیات 5 و 7 و آیات دیگر) باید بپذیریم که شیوه و روش آموزشی حوزه ها در تضاد و تقابل کامل با این روش الهی است.

در حوزه های علمیه، در فقه و اصول ، فلسفه اسلامی، عرفان اسلامی و حتی تفسیر و علوم دیگر، وقتی از برهان سخن گفته می شود، هیچ ارتباطی با محبت و عواطف و احساسات ندارد؛ زیرا می گویند علوم عقلی چون فلسفه و منطق با عقل کار دارد و عقل با عواطف و احساسات اصلا جمع نمی شود؛ وقتی هم از اصول فقه سخن به میان می آید، از حجت ظواهر و خبر واحد و مباحث اصول علمیه و عملیه سخن می آید که مباحث عرفی و عقلایی با رنگ و بویی از عقلانیت است که می گویند هیچ ارتباطی با تقوا و عواطف و احساسات و ایمان ندارد؛

در فقه نیز وقتی وارد می شوند به «اوفوا بالعقود» و مانند آن ها تمسک می جویند تا وفای به عقد و لزوم آن را اثبات کنند. پس کاری به تقوای الهی ندارند.

این در حالی است که نظام آموزشی در فرهنگ و ادبیات قرآنی، این گونه جدایی و تفکیک را نمی پذیرد؛ از همین روست که حضرت ابراهیم(ع) در اوج استدلال عقلی و برهانی برای ربوبیت خدا، می فرماید: قَالَ لَا أُحِبُّ الْآفِلِینَ؛ گفت غروب ‏کنندگان را دوست ندارم.(انعام، آیه 76) یعنی به جایی آن که در نتیجه گیری قیاس خود بگوید: غروب کننده رب و پروردگار نیست، می گوید من دوست ندارم. پس عقل را با قلب و برهان و قیاس را با عواطف و احساسات انسانی پیوند می زند؛ زیرا تنها به حوزه جزم اندیشه ای کاری ندارد، بلکه به عزم ارادی و عمل خارجی نیز کار دارد و می خواهد انسان درست کند نه دانشمند فقط.

هم چنین قرآن وقتی از وفای به عقود سخن به میان می آورد و احکام فقهی را بیان می کند، آن را با تقوای الهی پیوند می زند به دنبال «أَوْفُوا بِالْعُقُودِ»(مائده، آیه 1)، «وَ اتَّقُوا اللَّه»(مائده، آیه 2) را می آورد تا انسان ساز باشد.

آن چه امروز در حوزه های علمیه و روش آموزشی آن اجرا می شود، در تقابل آشکار با روش آموزشی در ادبیات و فرهنگ قرآنی است و از همین روست که خروجی بر اساس فرهنگ قرآنی ندارد و اگر شما می بیند کسانی چون امام خمینی(ره) و علامه طباطبایی(ره) و آیت الله بهجت(ره) و مانند آن ها از حوزه ها خارج شده اند، هیچ ارتباطی با فرهنگ و ادبیات آموزشی حوزه ندارد، بلکه آنان همان راه قرآنی راه رفته اند و با تزکیه و تقوای الهی در چارچوب شریعت و عبادت شرعی توانستند به حقایق دست یابند و ضمن این که خودشان انسان متقی و مزکی شدند جامعه پیرامونی خویش را تحت تاثیر انوار الهی خویش قرار دادند؛ زیرا در آموزش و پرورش خویش، نور ایمان را زینت بخش وجود خویش با تقوای عبادی شرعی کرده اند و در فرهنگ قرآنی رشد نموده و اکرم شده اند.(حجرات، آیات7 و  12 تا 14)