قرآن کتاب هدایت است؛ از همین رو، بر خلاف دیگر کتب، شیوه ای را در پیش گرفته که تامین کننده این هدایت است. در کتب به ویژه علمی و استدلالی، روش بر آن است که هرگز انگیزه را داخل در اندیشه نمی کنند. اگر کسی انگیزه را داخل در اندیشه کند، او را متهم به مباحث غیر علمی کرده و مطالب او را رد می کنند؛ حتی در خبر و گزارش و تاریخ شرط است که نویسندگان انگیزه های شخصی یا گروهی را داخل نکنند، تا گزارش و خبر و تاریخ، بی طرفانه باشد. این بدان معنا است که دخول انگیزه در این مباحث علمی به معنای خروج از بی طرفی است که لازمه مباحث علمی است.

البته باید یادآور شد که بسیاری از کتب به ظاهر علمی به ویژه در علوم انسانی، بی طرفانه نیست؛ زیرا هماره انگیزه با اندیشه آمیخته است. برخی مدعی هستند که در کتب پایه همانند ریاضی و فیزیک نیز نوعی انگیزه در اندیشه دخالت یافته است؛ زیرا جهان بینی شخص یا گروه نمی تواند در اندیشه تاثیرگذار نباشد؛ از همین روست که جهان بینی مادی، فیزیک مادی می سازد؛ و جهان بینی غیر مادی، فیزیک مادی می آفریند. کسانی که افزون بر محسوس به عالم غیر محسوس نیز باور دارند در مباحث فیزیک آن را دخالت می دهند ؛ همان طوری که مادیگران نیز این گونه عمل می کنند.

چنان که گفته شد، در علوم انسانی نقش انگیزه در اندیشه پررنگ تر است و نمی توان از بی طرفی علمی سخن گفت؛ هر چند که مدعیان علوم انسانی گوش فلک را از بی طرفی و علمی بودن مباحث و نتایج خویش پر کرده اند؛ اما حقیقت و واقعیت غیر از مدعای آنان است.

اما از نظر قرآن، لازم است تا انگیزه با اندیشه آمیخته شود تا نتایج مطلوب به دست آید، به ویژه که حوزه مباحث و مطالب و مسایل قرآنی، هدایت است. بر همین اساس به جنبه های انگیزه ای بسیار توجه دارد و آن را اصالت می بخشد. البته این بدان معنا نیست که مباحث مطرح در قرآن از عمق علمی برخوردار نیست، چرا که آموزه های معرفتی و دستوری قرآن هماره بر حکمت و برهان قاطع استوار است و هیچ قول غیر سدید و غیر استدلالی در آن راه نیافته است؛ گزارش های تاریخی آن نیز مستند به حقایق و ریشه در تبیین و تحلیل علمی دقیق دارد.

به هر حال، از نظر قرآن، آمیختگی انگیزه و اندیشه در مباحث هدایتی ضروری و اجتناب ناپذیر است. از همین روست که حضرت ابراهیم(ع) به عنوان نمونه با آن که استدلال برهانی و عقلی و منطقی درباره عدم جواز معبود قرار دادن ستارگان زوال پذیر می آورد، با تاکید بر عنصر ارزشی و انگیزه ای «محبت» می فرماید: فَلَمَّا أَفَلَ قَالَ لَا أُحِبُّ الْآفِلِینَ.(انعام، آیه 76)

از نظر آموزه های وحیانی اسلام، عقل آن آفریده الهی است که انسان را در مسیر بندگی خدا قرار می دهد و انسان را به سعادت اخروی می رساند: مَا عُبِدَ بِهِ الرَّحْمَان وَ اکْتُسِبَ بِهِ الْجنان.(تفسیر نور الثقلین، العروسی، الشیخ عبد علی، ج5، ص382)

بنابراین، چنین عقلی می بایست در چارچوب حق سامان یافته و رشد کند و به کمال خویش برسد. به طور طبیعی «حق» غیر از واقعیت است؛ زیرا هر واقعیتی ، حق نیست؛ چنان که ظلم و بی حجابی واقعیت است، ولی حق نیست؛ چنان که هر حقی ممکن است واقعیت نداشته باشد؛ چنان که عدالت مطلق قسطی در میان انسان ها حق است ولی هنوز واقعیت نیافته و تحقق خارجی ندارد. بنابراین ، انسان مومن، انسانی حق گرا و واقع بین است؛ اما هرگز واقعیت گرا نیست و گرایشی به واقعیت به حکم واقعیت ندارد؛ زیرا ممکن است واقعیت خلاف حق باشد.

در همین راستا که انسان باید دنبال حق باشد تا به کمال عقل خویش کمک کند. این گونه است که انگیزه در اندیشه وارد می شود و جهت گیری انسان را نشان می دهد. این همان عقیده گرایی است که عنصر اصلی اجتماع اسلامی را تشکیل می دهد. انسان مسلمان هر حرکت علمی خویش را در چارچوب عنصر عقیده سامان می دهد و بر اساس همین حق رفتار و اتباع و پیروی می کند؛ چرا که می داند، عقل جز به این شیوه به کمال نمی رسد. امام حسین(ع) می فرماید: لَا یَکْمُلُ الْعَقْلُ اِلَّا بِاتِّبَاعِ الْحَقِّ.(نزهة الناظر وتنبیه الخاطر، الحُلوانی، حسین بن نصر، ج1، ص83.)